مؤسسة الكفاءات كغيرها من المؤسسات الاجتماعية الخاصة متعاقدة مع وزارة الشؤون الاجتماعية وبموجب هذا العقد تسدد الوزارة الحصة المتوجبة عن كل حالة، لكن الوزارة لم تسدد ما عليها في العام 2018، ما اضطر الكفاءات للاستدانة لتغطية العجز في المرحلة الاولى لكن عند تفاقم الازمة اقفلت أحد مراكزها.